서류 미비로 법인세를 감면받지 못했던 영농조합법인 2700여곳이 과거 납부한 세금 170억원을 돌려받는다.
국민권익위원회는 최근 세법상 과세 시효(부과제척기간)가 경과했더라도 영농조합법인에 식량작물재배업소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해주도록 국세청에 의견을 전했고, 국세청이 이를 받아들였다고 밝혔다.
A영농조합법인은 농어업경영체등록확인서를 제출하지 않아 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 부과받자, 행정소송을 제기했다. 이에 대법원은 지난해 3월 “등록확인서 제출은 협력의무에 불과할 뿐 법인세 감면을 위한 필수 요건은 아니다”라고 판결했다.
국세청은 A영농조합법인에 법인세를 모두 환급해줬지만 소송을 내지 않은 영농조합법인의 경우엔 과세연도를 기준으로 2018년도 이후 법인세만 환급해줬다. 2017년 이전분에 대해서는 세법상 부과제척기간이 지났다는 이유에서다.
하지만 2016·2017년 귀속분 법인세를 납부한 B영농조합법인은 과세연도 2017년 이전 법인세도 환급돼야 한다면서 권익위에 고충민원을 제기했다.
권익위는 민원을 받아들여 국세청과 함께 전국 영농조합법인을 전수 조사했고, 그 결과 영농조합법인 2700여곳이 법인세 170억원을 부당하게 납부했음을 확인했다. 권익위는 국세청에 부당하게 거둔 법인세를 전액 돌려주라고 의견을 표명했다. 국세청은 순차적으로 법인세 취소 처분, 환급 절차를 진행하기로 했다.
한편 지난해 세법 개정으로 영농조합법인은 1월1일 이후 개시하는 과세연도부터는 농어업경영체정보를 등록해야만 법인세를 감면받을 수 있다.
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