* 이성섭 국민권익위원회 재정세무민원과장이 21일 세종시 정부세종청사에서 농어업경영체등록확인서를 제출하지 않아 법인세를 감면받지 못한 2700여개 영농조합법인에 대해 이미 납부한 법인세 약 170억 원을 돌려받도록 국세청에 의견을 표명했다고 밝히고 있다. 권익위
권익위 전수조사…“제척기간 지났어도 감면” 의견표명
국세청서 수용…올해부턴 경영체정보 등록해야 감면
농민신문 지유리 기자 2024. 2. 26
‘조세특례제한법’에 따르면 영농조합법인은 식량작물을 재배해 발생한 소득에 대해서는 법인세를 감면받는다. 정부는 당초 이 법의 시행령을 기준으로 농어업경영체등록확인서(이하 등록확인서)를 제출한 경우에만 법인세를 감면해줬다.
그런데 A영농조합법인이 등록확인서를 제출하지 않아 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 부과받자, 이에 불복해 법원에 행정소송을 제기하면서 상황이 달라졌다. 대법원은 지난해 3월 ‘등록확인서 제출은 협력의무에 불과할 뿐 법인세 감면을 위한 필수 요건은 아니’라면서 ‘법인세 추징은 무효’라고 판결했다.
국세청은 대법 판결에 따라 소송 당사자인 A영농조합법인이 감면받지 못한 법인세를 모두 환급해줬다. 소송을 내지 않은 영농조합법인의 경우엔 과세연도 기준으로 2018년도 이후 법인세만 환급해줬다. 2017년 이전분에 대해서는 세법상 부과제척기간이 경과됐다는 이유다. 제척기간이란 특정 권리에 대해 법률이 정한 존속기간으로, 국세청은 과세연도 2023년 기준 법인세 부과제척기간 5년이 경과된 2017년 이전 법인세 부과 처분은 취소할 수 없다고 설명했다.
이에 2016·2017년 귀속분 법인세를 납부한 B영농조합법인은 과세연도 2017년 이전 법인세도 환급돼야 한다면서 권익위에 고충민원을 제기했다.
권익위는 민원을 받아들여 국세청과 함께 전국 영농조합법인을 전수조사했고 그 결과 2700여곳의 영농조합법인이 약 170억원의 법인세를 부당하게 납부했음을 확인했다. 이에 권익위는 국세청에 부당하게 거둔 법인세를 전액 돌려주라고 의견을 표명했다. 국세청은 순차적으로 법인세 취소 처분, 환급 절차를 진행하기로 했다.
한편 지난해 세법 개정으로 영농조합법인은 1월1일 이후 개시하는 과세연도부터는 농어업경영체정보를 등록해야만 법인세를 감면받을 수 있다.
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